También la capital navarra tuvo su judería y aunque se creía fundada en el S XII hay evidencias archivísticas que demuestran su existencia ya en el S XI.
La capital de Navarra, Pamplona -Iruña en la lengua de los vascos- fue fundada en el S I aec por Pompeyo, convirtiéndose en la mayor ciudad de las tierras de los vascones. Para la diáspora romana -70 dec- la ciudad estaba ya lo suficientemente desarrollada como para haber recibido judíos, pero esto es sólo una suposición. Tras la etapa visigoda, fue conquistada por los musulmanes y con una alianza de la nobleza local (Iñigo Arista) , el obispado y la dinastía de los Banu Kasi se crea el reino de Pamplona, que luego será el de Navarra. Con Sancho III el Mayor (1004-1035) el reino de Pamplona alcanza su mayor extensión territorial abarcando casi todo el tercio norte peninsular.
Paralelamente, a mediados de ese S XI está perfectamente asentada la ruta hoy conocida como Camino de Santiago, que después de cruzar el puerto pirenaico de Roncesvalles, se encuentra rápidamente con la ciudad de Pamplona. El trasiego de gentes que transita por la ruta jacobea desarrolla notablemente las poblaciones recién reconquistadas y por ello se incrementa su población mucho en burgos y juderías . Según el medievalista Juan Carrasco , en un estudio de la Universidad Pública de Navarra, las juderías navarras tiene dos ejes: uno, el de la ruta del Camino Compostelano; y otro, en el de las tierras reconquistadas en el valle del Ebro. Pamplona está en el de la ruta jacobea.
Sancho III, tuvo dos hijos: Ramiro, que heredó la tierra de Aragón por ser ilegítimo; y García Sánchez III, que heredó Pamplona. Se enfrentaron los hermanos en la Batalla de Tafalla, en 1043, y muere en la Batalla de Atapuerca, en 1054, pasando el reino a Sancho IV el de Peñalén. Este monarca será quien, habiéndose fijado en la prosperidad de la judería de Estella, quiso que ocurriera lo mismo en Pamplona: consta que en 1063 Sancho donó a unos nobles unos casales «junto a la judería» junto al Huerto de los Canónigos, en pleno barrio de la Navarrería. Casi un siglo después , en 1154, reinando Sancho VI El Sabio, se agrandará esa judería vieja.
Tras no poco trabajo, se consiguió perimetrar la judería de la siguiente forma: la bajada de Javier, la calle de la Merced, la calle Juan de Labrit, una parte de la Ronda Barbazana, el Palacio Arzobispal y la calle Dormitalería, toda ella amurallada desde el S XIII para que estuvieran a salvo de los ataques de los cristianos. La judería fue arrasada en 1276, junto a todo el barrio de la Navarrería, a manos de los franceses: la dinastía Capeta no respetó lascostumbres navarras y creció en el barrio de la Navarrería una oposición al francés que les salió muy cara ; durante 50 años los judíos vivieron por toda la ciudad, pues tenían la judería destruida, y hubo de ser reconstruída no antes de 1320.
No se sabe a ciencia cierta en dónde se ubicaba tres días a la semana el mercado hebreo, pero sí se sabe en dónde estaba la sinagoga: en el solar donde hoy se levanta lo que llaman el Retiro Sacerdotal del Buen Pastor, una residencia de ancianos del arzobispado, y parte de la plaza de Sta Mª La Real. Cuando Juan de Labrit y Catalina de Foix decretan la expulsión de los judíos de Navarra -que no fue en 1492, sino en 1498- los frailes mercedarios compraron la sinagoga para levantar un convento hoy ya inexistente: el de la Merced.
Los judíos de Pamplona fueron menguando a lo largo del S XV; algunos buscaron empezar una nueva vida en otros lugares, otros se convirtieron al cristianismo, pero los que se quedaron hasta la expulsión del ´97 marcharon a Italia, concretamente a Ferrara, primero, y a Livorno, después.
