La Hermandad de la Caridad llegó a pedir perdón por el saqueo de la judería y la matanza de muchos judíos, quienes tras cuatro días de masacre sufrirían consecuencias posteriores veinte años antes de la expulsión.
La memoria de Córodoba conoce este evento como el Episodio de la Cruz del Rastro, pero el episodio es el la peor masacre sufrida por la judería cordobesa.
Estamos a 14 de marzo de 1473 (o si se prefiere, un 14 de adar, esto es , la fiesta de Purim). Falta tan sólo un año para que comience el reinado de los Reyes Católicos; la ciudad de Córdoba, cristiana desde 1236, se dispone a realizar las procesiones de Semana Santa. Los cofrades de la Hermandad de la Caridad sacan en procesión a su virgen, engalanadísima. A la altura de la Herrería, hoy Carrera del Puente -así dicen las crónicas- una niña vertió, desde una ventana, sobre el manto de la virgen, un líquido que dicen era orín. Alonso Rodríguez, herrero, gritó que aquello sin duda era obra de los judíos y clamaba venganza. A pesar de que algunas autoridades trataron de aplacar la situación, disolvieron la procesión. Y entonces, una turbamulta de cristianos se abalanzó contra las casas de los conversos o cristianos nuevos -desde la matanza de 1391 no quedó en la ciudad nadie sin haberse convertido. Sus casas fueron saqueadas, incendiadas e, incluso, muchos de sus moradores, asesinados por el mero hecho de defender a sus familias y sus haciendas. La masacre se perpetró durante cuatro largos días sin pausa. La mayoría de los conversos que quedaron con vida partieron hacia Gibraltar, aunque poco tiempo después, calmados los ánimos, parte de ellos retornó a Córdoba.
Hasta que D. Alfonso de Aguilar, Señor de Aguilar, protector de los judíos, decidió poner fin a aquella masacre. Así lo cuentan, por un lado, Diego de Valera, cronista de los Reyes Católicos, en Memorial de diversas hazañas, y Alfonso de Palencia, cronista de Enrique IV, por otro.
D. Alfonso de Aguilar, que era hermano del Gran Capitán, Gonzalo Fernández de Córdoba, y enemigo declarado del Señor de Cabra, se hizo acompañar por algunos de los suyos y se fue hasta el lugar llamado del Rastro, donde se encontró a Alonso Rodríguez, arengando a los que se decían cristianos. El Sr. de Aguilar le impelió a que se retirara y abandonara la sangre, pero el amotinado no sólo no obedeció sino que insultó al aristócrata, y le hirió en un mano ; fue por esto por lo que el de Aguilar le mató atravesándole con su lanza. Y a sus correligionarios los persiguió hasta el convento de S. Francisco, donde quedaron encerrados.
Al día siguiente, comenzaron los rumores de que el cadáver de Alonso Rodriguez se había movido en su lecho de muerte y que aquello era señal de que clamaba venganza. Entonces , de nuevo, los cristianos salieron contra las casas judías para saquearlas e incendiarlas y asesinar a sus moradores. El Sr. de Aguilar volvió a dirigirse contra los amotinados, ya capitaneados por Diego de Aguayo, un caballero afin a los Reyes Católicos, que hizo huir al de Aguilar y a muchos judíos, que se resguardaron en el Alcázar.
Al final, a los judíos se les pidió abandonar la ciudad o restringir su vida fuera de la ciudad , en el sitio que antaño se les había consignado. La Hermandad de la Caridad, comprendiendo que de su seno había surgido el conflicto, acordó perpetuar su memoria con una lápida conmemorativa colocada en el patio de San Francisco y una gran cruz de hierro sobre un pedestal, ocupando el centro del antiguo Rastro. La actual es de 1927.
Ese mismo año, el concejo cordobés despojó al converso Juan Rodríguez de Santa Cruz, sin más juicio ni prueba, del oficio de Jurado de la colación de Santo Domingo.
Un lustro después, en 1478, los Reyes Católicos no sólo no le confirman en el oficio de Alcalde de físicos y cirujanos concedido por el rey Enrique, sino que , además, revocan aquella merced y por tanto le queda prohibida la práctica de su oficio.
Por si hubiera sido poco acoso, en el año de 1481 es juzgado y condenado como hereje, aplicándosele la pena de confiscación de todos sus bienes, que son puestos a subasta con privilegio real.
Así se le arrebataron dos casas-tienda en la calle Feria, en la collación de San Nicolás de la Ajerquía. Fueron compradas, qué casualidad, por Diego de Aguayo, antisemita manifiesto y cabecilla de los funestos hechos de marzo de 1473.
Por otro lado, los Reyes Católicos, al licenciado Andrés Calderón, vasallo real, Corregidor de Granada y Alcalde de Casa y Corte, se le confiscaron las casas en la colación de Santa María, en la plazuela de los Paraísos. Las casas fueron vendidas a un gallego que ayudó a conquistar Córdoba con Fernando III y , después de convertirlas en palacio en el S XVI y XVII, acabaron siendo heredadas por el Duque de Alba, quien a mediados del S XIX lo vendió a Juan Manuel Trevilla, conde de Montegil. En 1942 es adquirido por el Estado, trasladándose el Museo Arqueológico de Córdoba en 1960.
El anochecer del domingo once de diciembre de 1474, pocas horas antes de la muerte de Enrique IV, predecesor de Isabel I de Castilla, se repitió el asalto a las casas de los conversos cordobeses hasta el martes, día en el que ahorcaron en plaza pública a seis de ellos, mientras que a otros tres le sometieron a azotes y a otros tres a destierro.
