Nota general sobre la implementación, desarrollo y extinción de la Inquisición de Portugal desde Europa a América y Asia.
Manuel I de Portugal, alias El Afortunado, empezó su reinado en 1495 -tres años después de que una considerable cantidad de judíos castellanos se refugiaran en tierras portuguesas por la presión del Decreto de la Alhambra. Ambicionaba reinar sobre Castilla y Aragón y se casó con la Princesa de Asturias, Isabel de Aragón, ya viuda de Alfonso de Portugal. La condición que puso la novia para el sí quiero bajo la bendición del dios de los cristianos: expulsar a todos los judíos del reino luso. Manuel decretó en 1497 un decreto similar al castellano-aragonés de 1492: conversión al catolicismo o expulsión del reino. El número de cripto-judíos que se creó en ese momento fue enorme. El papa Alejandro VI -el valenciano Rodrigo de Borja, mal llamado Borgia en italiano- se frotaba las manos y deseaba instaurar en Portugal el Tribunal de la Inquisición, pues la persecución tras los neo-cristianos implicaba confiscación de bienes. Pero no se implementó esta medida. Manuel I, al enviudar de Isabel, se volvió a casar en 1500 con una hija de los Reyes Católicos – María de Aragón y Castilla- y fue entonces cuando Manuel solicitó a Roma la institución del Tribunal del Santo Oficio. No obstante, esto no se hizo sino cuando accedió al papado Pablo III, trece años después de la muerte de Manuel I y ya reinando en Portugal Juan III. El año exacto fue el de 1536.
El primer Gran Inquisidor fue Don Frco. Diego de Silva, franciscano, obispo de Ceuta, y confesor del mismo Rey Don Juan III, el cual tomó posesión del Oficio el día 5 de Octubre de 1536. Pero por poco tiempo, pues dimitió. Entró en su lugar el Infante Don Enrique, hermano del rey Juan III, Arzobispo de Ebora y futuro rey de Portugal. Es a partir de este momento cuando el papa se desentiende de la Inquisición portuguesa, pasando a ser competencia absoluta del rey portugués.
En 1531 un tremendo terremoto asoló Lisboa. Su causa, por extraño que hoy nos parezca, fue atribuida por la población portuguesa al sector cripto-judío. La culpa era tan pública que Juan III fue convencido por Alonso Manrique de Lara, el Inquisidor General, a pedir que se instituya la Inquisición en Portugal.
Los tribunales instituidos lo fueron en Lisboa, del cual dependían los tribunales de América, Coímbra y Évora, (y por un corto período (1541-c. 1547) también en Oporto, Tomar y Lamego) También hubo uno en Goa, India. En las colonias americanas dependían del tribunal de Lisboa.
El primer Auto de Fe se perpetró en Lisboa el 20 de septiembre de 1540. (En algunas fuentes consta el 26 del mismo mes) En la capital portuguesa hubo 248 autos entre 1540 y 1794, arrojando un total de 7.666 condenas, de las cuales 461 fueron condenadas a morir en la hoguera y 161 en efigie (por haber ya huido a Amsterdam y Amberes como polizones en los barcos) A esos autos hay que agregarle en 1506 el evento funesto de LA MATANZA DE LISBOA.
Según el historiador estadounidense Henry Charles Lea, investigador de la Hª de la Iglesia fallecido en 1909, los datos de las condenas emitidas y ejecutadas entre 1540 y 1794 en los tribunales de Lisboa, Porto, Coimbra y Évora son aterradores: quemaron a 1 175 personas vivas, y en efigie otros 633; además, impusieron castigos a 29 590 personas. Sin embargo, la documentación de 15 de los 689 autos de fe desapareció, por lo que estas cifras deberían tomarse con mucha cautela y de forma aproximada. También se ignora cuántas víctimas murieron en las cárceles de la Inquisición como resultado de enfermedades, falta de condiciones sanitarias, maltratos hasta la tortura y suicidios.
A partir de 1595, inquisidores llamados «visitadores» empezaron a inquirir el criptojudaísmo en Brasil, especialmente en Pernambuco, pero también en Bay y Paraíba. Los arrestados eran enviados a Portugal.
La Inquisición Portuguesa también tuvo sus detractores. El jesuita António Vieira (1608–1697) filósofo, escritor y orador, fue uno de los oponentes más importantes de la Inquisición. Detenido por la Inquisición de «Propuestas heréticas, imprudentes, malas y escandalosas» en octubre de 1665,fue encarcelado hasta diciembre de 1667. Luego huyó a Roma, donde pasó a liderar un movimiento anti-inquisitorial.
Aunque se extinguió oficialmente en 1821, la Inquisición portuguesa fue perdiendo fuerza durante la segunda mitad del s. XVIII, bajo la influencia de Sebastião José de Carvalho y Melo, marqués de Pombal quien declaró públicamente que se oponía a los métodos Inquisitoriales, clasificándolos como actos «contra la humanidad y los principios cristianos». [Aunque él mismo usó la Inquisición para sus propios fines, como cuando encontró necesario eliminar al padre Gabriel Malagrida, y usar una inhumanidad clara contra los Távoras. Paulo de Carvalho y Mendonça, hermano del marqués de Pombal, dirigió la Inquisición de 1760 a 1770.En opinión de algunos historiadores, los Pombal, agregados al proceso de secularización de la sociedad en el siglo de las luces, fueron fundamentales para la extirpación de las prácticas de la Inquisición en tierras portuguesas.
Los archivos inquisitoriales sobre los procesos perpetrados (más de 35,000), están depositados en la Torre Do Tombo, Archivo Nacional Portugués.
